柯南和小五郎等拉著大隊，來到位于太平洋中的美麗小島“神海島”渡假。這座島嶼自古已有流傳，大概有關沉沒于海底的古代遺跡“海底宮殿”，及300年前兩名女海盜遺留下來的寶藏傳說。小蘭和園子不懼流傳，在“海底宮殿”附近潛水時，意外遇到一大群正在尋找寶物的獵人，不料其中一人突然遭鯊魚攻擊，不幸身亡！小蘭和園子幸運逃難，柯南見那位獵人死狀詭異，與灰原一起展開調查。
柯南認為獵人之死，跟寶藏傳說有著莫大關系，他試圖解開背后原因，“海底宮殿”的謎題一直系繞在他的腦海中。他找到了一組神秘名詞“Jolly Roger(海盜旗)”后，滿以為有所起色，獵人卻突然現身，并偷走了原來發現的寶藏！小蘭和園子落在獵人的魔掌之中，性命危在旦夕！隱藏于傳說中的訊息是什么？“海底宮殿”有什么秘密？穿越300年時光的暗號，柯南誓要逐步解開迷題
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